Налоги медицинского центра в 2026 году: освобождение от НДС, ставка 0% по прибыли и выбор режима

Какие налоги платит медицинский центр: коротко

Какой режим выгоднее, зависит от размера клиники. Небольшому кабинету с одним-двумя врачами ставка 0% недоступна — нужно минимум 15 работников. Такому бизнесу обычно подходят УСН или патент. Многопрофильному центру с большим штатом стоит посчитать ОСНО с нулевой ставкой — расчёт ниже. Как выбирать режим в целом, разобрано в статье «Как выбрать систему налогообложения».

Лицензия — условие всех льгот

Медицинская деятельность лицензируется (пп. 46 п. 1 ст. 12 Федерального закона от 04.05.2011 № 99-ФЗ). Для налогов лицензия важна трижды:

• Освобождение от НДС действует только при лицензии (п. 6 ст. 149 НК РФ).
• Ставка 0% по прибыли — первое из условий ст. 284.1 НК РФ.
• Вычет пациента дают, только если услугу оказала организация или ИП с лицензией (пп. 3 п. 1 ст. 219 НК РФ). Без лицензии пациенты теряют вычет и уходят туда, где его дают.

Освобождение работает только по тем работам и услугам, которые указаны в лицензии. Открыли новое направление — сначала расширьте лицензию, потом начинайте приём.

Важно: по пп. «в» п. 5 Положения о лицензировании (постановление Правительства от 01.06.2021 № 852) у клиники должны быть работники, заключившие с ней трудовые договоры, с нужным образованием и аккредитацией или сертификатом специалиста. Врачи по договору ГПХ это требование не закрывают. Подробнее — в разделе о врачах.

НДС: какие услуги клиники освобождены, а какие нет

От НДС освобождены медицинские услуги медицинских организаций и ИП, ведущих медицинскую деятельность, — за исключением косметических и санитарно-эпидемиологических (пп. 2 п. 2 ст. 149 НК РФ). Какие именно услуги считаются медицинскими, решает перечень, утверждённый постановлением Правительства от 20.02.2001 № 132: диагностика, профилактика, лечение в поликлинике и стационаре, скорая помощь и другие. Кто платит — сам пациент, компания по договору или страховая по полису ДМС, — значения не имеет: услуги из перечня освобождены «независимо от формы и источника их оплаты».

Отказаться от освобождения нельзя. Отказ по п. 5 ст. 149 НК РФ возможен только для операций из п. 3 этой статьи, а медицинские услуги — в п. 2. Если корпоративный клиент просит «счёт с НДС», клиника не вправе просто добавить налог к медицинской услуге.

Если есть и облагаемые, и освобождённые доходы, нужно вести раздельный учёт (п. 4 ст. 149 НК РФ). Для владельца это значит: косметология, аптечный пункт или аренда должны проходить в учёте отдельно от медицины. Иначе налоговая при проверке сама решит, что и как облагать.

Частая ошибка — косметологический кабинет внутри клиники. Косметические услуги исключены из освобождения прямо в законе. Какие процедуры у вас медицинские (по лицензии и перечню), а какие косметические, решите до запуска направления, а не после требования из налоговой.

Клиника на УСН с доходом больше 20 млн ₽

С 2026 года бизнес на УСН освобождён от НДС, только пока доход за прошлый год — и с начала текущего — не больше 20 млн ₽ (п. 1 ст. 145 НК РФ). В доход считается вся выручка по УСН, включая медицинскую. Порог сохранён законом от 04.07.2026 № 228-ФЗ, плановое снижение отменено.

Для клиники превышение порога означает не «плюс 22% ко всем ценам», а три вещи:

1. Медицинские услуги остаются без НДС. ФНС прямо подтвердила: освобождение по ст. 149 применяют и клиники на УСН, у которых доход за 2025 год больше 20 млн ₽.
2. НДС появляется на остальном — косметологии, товарах, аренде. Ставку выбирают: 5% или 7% без вычетов входного налога либо 22% с вычетами. Как выбрать — в статье «НДС на УСН в 2026 году».
3. Появляется декларация по НДС каждый квартал, даже если все услуги освобождены: такие операции показывают в разделе 7. Если превышение случилось в течение года, обязанности плательщика НДС начинаются с 1-го числа следующего месяца.

Клиника с чисто медицинской выручкой на УСН почти ничего не теряет, кроме лишней отчётности. Клиника с большой долей косметологии и товаров — теряет 5–22% с этой части выручки.

Ставка 0% по налогу на прибыль: условия и сроки

Это главная льгота отрасли, и она бессрочная: ст. 284.1 НК РФ не ограничивает её годами. Применять её может только организация на ОСНО — ни ИП, ни клиника на УСН ею не пользуются. Все условия должны выполняться непрерывно весь год.

Сроки. Заявление подают в налоговую не позднее чем за месяц до начала года, с которого применяется ставка (п. 5 ст. 284.1 НК РФ). В нём указывают реквизиты лицензии. Подаётся один раз, а не каждый год. Чтобы платить 0% с 1 января, заявление нужно подать не позднее 1 декабря предыдущего года. Если клиника сейчас на УСН, отдельно нужно уведомить об отказе от упрощёнки — не позднее 15 января года, с которого переходите на ОСНО (п. 6 ст. 346.13 НК РФ). Порядок перехода — в статье «Переход с УСН на ОСНО».

По итогам каждого года вместе с декларацией подают сведения о доле доходов, численности работников и медперсонала — не позднее 25 марта (п. 6 ст. 284.1 НК РФ). Не подали — ставка 0% слетает за весь год.

Чем опасно нарушение. Если хоть одно условие не выполнено, налог пересчитывают по ставке 25% с начала года, в котором случилось нарушение, и взыскивают пени (п. 4 ст. 284.1 НК РФ). Вернуться к ставке 0% после этого нельзя пять лет (п. 8 ст. 284.1 НК РФ). Уволились два врача в конце года, и в штате на несколько дней осталось 14 человек — льгота потеряна за весь год.

Расчёт: клиника с выручкой 60 млн ₽ на разных режимах

Пример. ООО — многопрофильная клиника, 2026 год. Выручка — 60 млн ₽, вся от медицинских услуг по лицензии. Расходы — 50 млн ₽, в том числе зарплата 20 работников 24 млн ₽ и взносы с неё 7,2 млн ₽ (30%: выплаты каждому работнику ниже предельной базы). Из 20 работников 12 — медики с аккредитацией. Для простоты расходы на УСН и ОСНО считаем одинаковыми, налог по ставке УСН — без региональных льгот, травматизм не учитываем.

НДС в этом примере не появляется ни на одном режиме: вся выручка — освобождённые медуслуги. Разница между лучшей УСН и ОСНО с нулевой ставкой — 1,5 млн ₽ в год. Плата за неё — бухгалтерия по общей системе, налог на имущество, контроль численности и доли доходов каждый день.

Обратная сторона: если условия нарушены, та же клиника заплатит 2,5 млн ₽ плюс пени — на 1 млн ₽ больше, чем на УСН 15%. Поэтому ОСНО с 0% выбирают, когда штат стабильно больше 15 человек с запасом, а немедицинская выручка заметно меньше 10%. Если запаса нет, УСН надёжнее. Чем отличаются два варианта УСН, разобрано в статье «УСН "доходы минус расходы"».

ИП-врач: патент или УСН

Предприниматель с медицинской лицензией может работать на патенте: «занятие медицинской деятельностью или фармацевтической деятельностью лицом, имеющим лицензию» прямо названо в пп. 38 п. 2 ст. 346.43 НК РФ. Ставка 0% по налогу на прибыль ИП недоступна.

• Ограничения патента: не больше 15 работников (п. 5 ст. 346.43 НК РФ) и доход не больше 20 млн ₽ в 2026 году, а в 2027 году — не больше 15 млн ₽ (п. 6 ст. 346.45 НК РФ). Стоимость зависит от региона.
• Патент покрывает только медицинскую деятельность. Продажа товаров или сдача кабинета в аренду под него не попадают — для них нужна УСН, иначе этот доход уйдёт на общую систему.
• С работниками патент уменьшается на взносы не больше чем на 50% — расчёт в статье «Уменьшение патента на взносы».

Патент выгоден, когда реальный доход заметно выше потенциального дохода, который регион заложил в стоимость. Иначе дешевле УСН. Как сравнить, показано в статье «Патент для ИП в 2026 году».

Врачи в штате, по ГПХ и самозанятые

Желание сэкономить на взносах понятно: у клиники их нечем снизить. Здравоохранения (ОКВЭД 86) нет в перечне распоряжения Правительства от 27.12.2025 № 4125-р, поэтому пониженного тарифа 15% для малого бизнеса у клиник нет. Платится общий тариф: 30% с выплат до 2 979 000 ₽ работнику за год и 15,1% сверх этого (ст. 425 НК РФ). В перечне есть соседние коды — 87 и 88 (уход с проживанием и социальные услуги). Их не стоит путать с медицинской деятельностью.

Врач по договору ГПХ или самозанятый — это для клиники три риска сразу:

1. Налоговый. Если врач принимает по графику клиники, в её кабинете и на её оборудовании, отношения признают трудовыми и доначислят НДФЛ и взносы за все годы с пенями. Выплаты самозанятому, который был вашим работником меньше двух лет назад, вообще не считаются доходом по НПД (пп. 8 п. 2 ст. 6 Федерального закона от 27.11.2018 № 422-ФЗ).
2. Лицензионный. Для лицензии нужны работники с трудовыми договорами (пп. «в» п. 5 Положения № 852). Если по направлению нет ни одного штатного специалиста, клиника нарушает лицензионные требования. А без лицензии по этому направлению нет и освобождения от НДС.
3. Риск потерять ставку 0%. Врачи по ГПХ не входят в 15 работников и в 50% медперсонала.

Договор ГПХ уместен для разовой работы: консультант на конкретную операцию, приглашённый специалист на конференцию. Для врача, который ведёт приём каждую неделю, нужен трудовой договор. Для лицензии хватит и совместительства, но если вы рассчитываете на ставку 0%, учтите: внешние совместители в 15 работников и 50% медперсонала тоже не входят. Как не превратить договор с самозанятым в скрытый найм — в статье «Договор с самозанятым». Во сколько обходится штатный сотрудник с учётом взносов, посчитано в статье «Сколько стоит сотрудник в 2026 году».

Вычет пациенту и справка об оплате

Пациент получает социальный вычет на лечение: возвращает НДФЛ с суммы оплаченных услуг в пределах общего лимита социальных вычетов 150 000 ₽ в год (п. 2 ст. 219 НК РФ). Для дорогостоящего лечения по перечню Правительства лимита нет. Условие одно: у клиники должна быть лицензия. Для клиники это аргумент в продажах: при чеке 150 000 ₽ пациент со ставкой НДФЛ 13% вернёт 19 500 ₽.

Что клиника обязана знать:

• Форма справки новая. Справка об оплате медицинских услуг (КНД 1151156) утверждена приказом ФНС от 08.11.2023 № ЕА-7-11/824@. По расходам с 2024 года действует только она, справка по старой форме 2001 года не годится. К декларации 3-НДФЛ пациент прикладывает только эту справку.
• Можно обойтись без справки. По заявлению пациента клиника, у которой есть техническая возможность, сама передаёт сведения об оплате в налоговую в электронном виде — в течение 30 календарных дней после заявления (п. 2 и 3 порядка, утверждённого тем же приказом). Тогда вычет появится в личном кабинете пациента и оформляется в упрощённом порядке (ст. 219, ст. 221.1 НК РФ).
• Одни и те же расходы нельзя передать дважды — и на пациента, и на его супруга. Справку выдают тому, кто платил.

Что будет, если ошибиться

Чем грозит работа без оформления в целом, посчитано в статье «Работник без оформления».

Что сделать владельцу клиники

1. Сверьте лицензию с прайсом: каждая услуга, которую вы считаете освобождённой, должна быть и в лицензии, и в перечне № 132.
2. Выделите немедицинскую выручку — косметологию, товары, аренду — и посчитайте её долю за год.
3. Посчитайте доход за прошлый год и с начала текущего относительно 20 млн ₽: при превышении появятся декларации по НДС и налог с немедицинской части.
4. Проверьте, как оформлены врачи. Тех, кто ведёт регулярный приём по ГПХ или как самозанятые, переведите на трудовые договоры.
5. Если у вас ООО, в штате больше 15 человек с запасом и немедицинской выручки меньше 10%, посчитайте ОСНО со ставкой 0%. Решение принимайте до конца ноября: заявление на ставку — не позднее 1 декабря, уведомление об отказе от УСН — не позднее 15 января года перехода.
6. Проверьте, что справки для вычета выдаются по форме КНД 1151156, и решите, будете ли передавать сведения в налоговую напрямую.

Честно: кабинет одного врача на патенте или УСН с чисто медицинской выручкой часто ведёт учёт сам или с минимальной помощью. Сопровождение окупается, когда клиника переходит порог 20 млн ₽, совмещает медицину с косметологией и товарами или планирует ставку 0%: там цена одной ошибки — налог за весь год. Обслуживание ООО на УСН «Доходы» у нас стоит от 7 900 ₽ в месяц, на УСН «Доходы минус расходы» и ОСНО — от 15 900 ₽, плюс 1 500 ₽ за каждого сотрудника. Для многопрофильной клиники стоимость считаем по анкете.

Частые вопросы